De organisatie van Wegter Grootverbruik bestaat uit 7 teams. Aan het hoofd staat de algemeen directeur en naamdrager van het bedrijf, Marc Wegter. Onder zijn directe leiding werken de operations director en de sales director. Zij vormen het management team (MT). De andere teams werken in de disciplines Logistiek, Commercieel (in- en verkoop), ICT, Administratief, Marketing en Financieel. De sfeer kenmerkt zich als open en pro actief.